천문학에서 연구원의 채용은 대학보다는 대학원에서 좌지우지 된다고 생각됩니다.
물론 국내에서 교수하실 생각이라면 출신대학이 매우 중요합니다. 천문학과의 대부분 서울대나 연세대 출신이 교수직을 차지하고 있고, 그 동문파워가 막강한지라 다른 대학 출신들은 국내 대학 교수가 되기 힘든 것이 사실 입니다.
하지만 천문학을 정말로 안정적인 재정에서 연구하고 싶다면 외국에서 하시는 것이 좋고, 더군다나 국내 대학에 출신에 따른 차별이 없다는 것이 특징이지요. 물론 미국 같은 경우는 어느 대학원을 나왔냐에 따라서 채용에 차별이 있기는 합니다.(실 예로 들면 미국 대학의 천문학쪽의 대부분 교수들은 아이비리그나 UC 버클리, 스텐포드, MIT등 유명 대학 출신들이 대부분 차지하고 있죠.)
뭐, 말하자면 천문학을 정말로 연구하고 싶다면 국내에 어떤 대학을 나와서 상관은 없습니다. 대학원을 어느 곳에 진학하는가가 중요한 것이지요. 문제는 대학에 따라 얼마나 유명한 교수가 있냐는 것이지만...
일단 질문하신 강태현 별님이 천문학에서 어떤 분야를 전공하고 싶은지 잘 생각해보시고, 그 쪽 분야에서 유명한 교수님이 있는 대학을 선택하세요. 천문학과라고 모든 학교가 다 같은건 아니고 다 전공분야가 다 조금씩 틀리니까요.
공부하실 분야에서 유명한 교수가 있고 없고는 매우 중요합니다. 대학원 진학시 추천장이 진학을 좌지우지하는데 그 분야에서 유명한 교수의 추천장일 수록 신뢰도가 높거든요.
그리고 마지막으로... 충북대가 BK21에 선정되었는지는 모르겠습니다만 충남대는 BK21선정되었구요.(물론 학부가 아닌 천문학과 입니다.) BK21의 혜택은 대학보다는 대학원에 많고 대학의 경우는 BK21이라는 장학금이 있다는 점입니다.(그만큼 성적이 잘나와야 혜택을 볼 수 있다는 말^^;)

조금이나마 도움이 되었다면 좋겠네요

다른건 모르겠고, 허접한과라는 의견에 대해선,
2007년도 새로 발행되는 1만원권 지폐의 뒷면엔.. 보현산천문대의 1.8m망원경과, 조선의 천문유물인 혼천의, 천상열차분야지도가 들어가있습니다.. ^^ 그 되기 어렵다는 지폐모델에 천문학이 세가지나 들어갔어요. 천문학.. 뜹니다!!

지방대 차별이라... 그건 하기 나름이지요.
전 지방대 나와서 회사에서 일하는데 그런거 잘 못느낍니다.
자기가 하는 분야에서 최고가 되면 그만인겁니다. (물론 제가 그렇게 뛰어나다는 건아니구요. 그냥 열심히 할 따름... ㅡㅡ;)

개인적으로 저는 좀 현실적인 것을 많이 따지는 편이라 천문학을 중도에 그만 둔적이 있지만...
그건 어디까지나 제 개인적문제때문이였구요.
우리나라도 천문학, 우주관련 분야는 몇십년내에 생명공학처럼 가장 각광받는 분야가 될 것입니다.

대학은 충북대 가셔서 자연공학쪽으로 들어가시고(천문학+물리학+지구과학 전공이 합쳐진 학부로...이름은 생각안남)
2학년때부터 전공을 물리학으로 전공하세요. 더불어 부전공이나 복수전공으로 천문학하시면 됩니다.
그리고 학부수준으로 뭐.. 우리나라에 대단한 일을 해보겠다고 생각마시고
대학원 가세요. ^^